当初Bacillus bifidusと命名されたものであり、「ビフィズス」という名称はこのときの種形容語に由来する。
V字やY字に分岐した特徴的な形から、ラテン語で｢分岐｣を表すbifidから、
1899年、フランス・パスツール研究所のティシエによって乳児の糞便中より発見された。
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